一、关于税收管辖权异议
目前税收管辖权分地域管辖权、居民管辖权、公民管辖权。地域管辖权，又称来源地管辖权，是一国对于来源于本国的所得有权征收税款。居民管辖权，是一国对于依照税法规定属于本国居民的纳税人有权征收税款。公民管辖权，是某一国家对拥有本国国籍的纳税人有权征收税款。行使管辖权一般以属地为主，同时兼用居民管辖、公民管辖。
在实际工作中，税收管辖权异议或争议是经常发生的。税收管辖权异议或争议的发生，不仅影响到税收管理的效率，而且可能会侵害到纳税人的合法权益。《税收征管法》修改稿对税收管辖作出了相关规定，并明确了移送管辖、协议管辖、指定管辖、法院裁定管辖几种税收管辖权争议或异议的处理方式。但是，《税收征管法》修改稿未对税收管辖权移交前（包括移交手续办理过程中）的税收管理责任进行确定。税收管辖权移交前税收管理，包括税收管理失职或失当行为、侵害纳税人合法权益的行为等。建议在“税收管辖”章节增加“税收管辖权移交前，税收管理责任由行使税收管辖权的税务机关承担”规定，以进一步明确管理责任，并保证税收管辖权的移交前后不至于管理责任不清。
二、关于纳税申报
现行征管法对所属期、申报期、纳税期以及申报期限、纳税期限等重要时间概念没有阐述，容易在税收实践上产生混淆。某些税收实体法将纳税期与所属期相混同，为税务机关和纳税人的正确理解和贯彻税法带来了不便。纳税申报行为与上述概念联系紧密，我们认为还应将这几个有关概念加以明确。
《税收征管法》修改稿对“所属期”的概念作了阐述：所属期是指依照法律、行政法规的规定，纳税人发生纳税义务的期间。修改稿还将税收实体法关于申报期的规定引用过来：纳税人以1个月或者1个季度为一个所属期的，自期满之日起15日内申报纳税；以1日、3日、5日、7日、10日或者15日为一个所属期的，自期满之日起5日内申报纳税。
但是，有些实体法的有关规定与此还是有些差别，如企业所得税、生产经营所得个人所得税、承包、承租经营所得个人所得税、土地增值税的有关规定。
《企业所得税法》第五十三条规定：“企业所得税按纳税年度计算。纳税年度自公历1月1日起至12月31日止。”由此，企业所得税所属期应当理解为1年，而《税收征管法》修改稿没有所属期为1年的规定。《企业所得税法》第五十四条规定：“ 企业所得税分月或者分季预缴。企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。”由此，企业所得税汇算清缴才是完全意义上的纳税申报，同时，对纳税人而言，也只有在汇算清缴后企业所得税的应纳税所得额才能确定，分月或者分季预缴只是辅助手段。关于生产经营所得个人所得税、承包、承租经营所得个人所得税的规定，与企业所得税的规定基本相同。
《土地增值税条例》第十条：“纳税人应当自转让房地产合同签订之日起七日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。”土地增值税的计税依据是土地增值额，就房地产开发项目而言，只有在项目全部竣工结算后，土地增值额才能最终确定。因此，我们可以这样理解，土地增值税的“所属期”为从房地产开发项目开工至竣工止这一期间，且视不同项目期限不能确定。在税收实践中，自转让房地产合同签订之日起七日内，基本上无法计算出土地增值额，土地增值税也无法准确申报。只有在项目竣工后，通过清算的方法才能最终确定土地增值额，计算出该项目的应纳土地增值税。《土地增值税条例实施细则》第十六条对土地增值税的预缴和清算做出规定，“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”由此，土地增值税清算报告才是完全意义上的纳税申报。
因此，为使《税收征管法》与税收实体法的相关规定得到统一，应当对“预缴税款申报”、“汇算清缴”或“清算报告”的法律地位或性质进行阐述，加以明确。
三、关于代缴税款行为
代缴税款，是指代缴人代替具有现实纳税义务的人缴纳税款，代缴的税款具有很强的税负转嫁特征，常见于房屋（财产）租赁行业。租赁的房屋从事生产经营的，租赁费应缴纳营业税、城建税、教育费附加、房产税、土地使用税、印花税等，个人的房产出租的还应缴个人所得税。租赁费纳税人应是出租人，但在实践中，出租人为转移税负，租赁双方在签订租赁合同是往往约定租赁税收由承租人代为缴纳。
代缴税款与税务代理有相似，但区别还是很明显，代理缴纳税款是以纳税人（被代理人）的名义缴纳税款，税负的实际承担者还是纳税人（被代理人）。而代缴税款往往是以代缴人的名义缴纳税款，税负的实际承担者也是代缴人。代缴税款有以下弊端：一是会淡化法定纳税人依法纳税的责任感；二是合同约定的代缴税款行为得不到税法的支持；三是代缴人并无代缴的法定义务，如未按合同约定代缴税款，并无法律责任；四是因代缴税款引发纠纷，税务机关牵涉进去，也有违规之嫌。因此，“依法纳税权”中应当禁止代缴税款行为，纳税人只对自身生产经营所得或财产所得承担纳税义务，税务机关只对具有纳税义务的单位和个人行使征税权，不能对其他人行使征税权，另外，代他人（单位）缴纳税款只能依照税务代理规则进行办理。
四、关于税收管理失职行为
随着社会经济的发展，公民法制观念的不断深化，纳税遵从度的逐步提高，信息技术在税收管理中的广泛运用以及征管程序制度化、精细化的深入推进，税收的实现途径已由 “税务机关征收”模式逐渐转变为以纳税人多渠道申报和多方式缴纳为主，税务机关实施强制征收为辅的模式。为使这种管理模式在税收实践中得以实现，《税收征管法》通过规定征纳双方的权利义务以及法律责任的方式来规范征纳行为。但是，如果税务机关的行政强制得不到有效实施，那么，纳税人的自主申报行为就没有了监控和引导。因此，税务机关行政强制的发起就显得至关重要。
税务机关行政强制案件主要有两大来源：一是来自公民或单位对税收违法行为的举报；二是来自税务机关实施税收管理掌握的税收违法行为的有关证据，具体有日常管理、纳税评估、税务检查等方面。如果税务机关在实施税收管理中，已掌握了纳税人的税收行为的有关证据，而不或延迟依职权立案查处或启动税务性质强制程序，应当是税务行政不作为行为，属于税务管理失职行为之一。这种行为过多过滥，势必会影响到税法的刚性。因此，建议在“法律责任”章节中采取列举加概括的方式，列举类似上述税务行政不作为行为的具体情形并明确税务行政不作为的具体责任形式，促使税务执法人员依法履行执法职权。
五、关于逃避缴纳税款行为
现行税收征管法对故意少缴或未缴税款的行为定性为“偷税”，而取消原《税收征管条例》中“漏税”概念。
《税收征管法》修改搞，为保持与刑法的衔接，按照刑法修正案（七）将“偷税”修改为“逃避缴纳税款”，其行为特征表述也由过去列举具体偷税手段改为概括式规定“采取欺骗、隐瞒手段”，同时，增加“漏税” 条款规定，明确 “漏税”行为的定性和法律责任。但没有采取定义式对“漏税”做概念界定，而是通过对“漏税”行为的主观性即客观表现进行描述。
现行《税收征管法》“偷税”立法是建立在纳税人精通税法或应该精通税法的理论假设之上，只要纳税人没有申报缴足应纳税款即视为具有主观故意，纳税人就应当因偷税承担法律责任。《税收征管法》修改搞，结合刑法修正案，将少缴未缴税款行为，区分为“纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款”和“非因故意造成的少缴未缴税款”（即漏税）两种情形，更强调主观故意和非故意的行为构成要件。但是，在税收实践中，还有以下问题需要解决：一是税务机关作为行政执法机关，在实际工作中准确区分主观故意与非主观故意比较困难，在以往也没有这方面的工作经验，因此，需要对非主观故意造成少缴税款的行为进行准确的表述，可以采取列举的表述的方式，防止在工作实践中随意进行扩大或缩小法律解释，尽量避免故意或非故意的法律适用错误；二是税务机关作为行政执法机关，对少缴或不缴税款行为的主观故意和非主观故意的定性能够得到多大程度的司法支持，将会影响到税收执法质量的走向。如果司法支持税务机关决定，那么司法机关对违法行为的裁定权就会部分前置到行政执法环节；如果司法不支持税务机关的决定，必将会影响到税务机关作出的行政处罚决定，影响到行政管理效率。